旅を続けるルフィ一行に、「故郷の危機」というニュースが飛び込む。ルフィたちは冒険を中断し、“東の海（イーストブルー）”に戻ろうとするが、突然上空から謎の海賊船が現われる。その空飛ぶ海賊船に乗っていたのは、悪魔の実の能力者で恐るべき伝説の海賊“金獅子のシキ”。彼は、「海底監獄インペルダウン」を脱獄した、海賊王ゴールド・ロジャー、白ひげと並ぶ、伝説の海賊だった。ナミを連れ去られ、空から振り落とされたルフィたちは、見たこともない凶暴な生物が住む空飛ぶ島々で散り散りとなってしまう…。
シキに涙ながらに仲間にしてくれと頼むナミ…。独自の進化を遂げた島の生物たち…。いったい麦わらの一味に何が起こったのか？シキの恐るべき野望とは？ルフィたちの運命を賭けた冒険が、今始まる！