「軍艦島」の姉妹島、中ノ島で何者かに襲われ、海に転落した浅見光彦（中村俊介）は果敢に海に飛び込んだ雅子（南野陽子）に助けられた。
雅子の父・一吉（勝野洋）が重い口を開き、半年前、後口（左とん平）と話したことを浅見に打ち明けた。後口は端島神社の遷座式の日、台風の中、一吉の妻・紀子（宮崎美子）が切迫早産をしそうになった夜、一吉が出会った黒の雨合羽の男が本当に東都建設会長の岡田和彦（神山繁） だったのか確認したのだ。岡田は当時、閉山を迎えた端島鉱の労使の仲介役だった。一吉は今でも阿波宮司を殺したのは岡田だと思っているが、後口は真犯人は別にいると疑念を抱いていたのだった。
浅見は昭和48年の遷座式の日に殺された阿波宮司の息子・光昭（青山勝）を長崎半島の野母崎の神社に訪ねる。光昭によると、後口が半年前に神社を訪れ、あるものの所在を尋ねたという。後口が探していたあるものとは？ 浅見は新たな殺人事件の現場に巡り合わせる。昭和48年の阿波宮司殺人事件の犯人が岡田和彦ではなかったのではないかと疑念を抱き殺された元刑事・後口の足跡を追った浅見は…。