ルポライターの浅見光彦（中村俊介）が「旅と歴史」の取材を兼ね、母親の雪江（野際陽子）と長崎県平戸に旅行に来たところから話はスタートする。だが、浅見親子を案内した、長崎県警を6年前に退官した元刑事の後口能成（左とん平）が1カ月後、静岡県の御前崎白羽海岸で遺体で発見された。浅見は後口が紹介してくれた平戸の高校教師、篠原雅子（南野陽子）の父親・一吉（勝野洋）が軍艦島（端島）で坑夫をしていたことを知る。軍艦島が廃坑になることが決まり、閉山を迎えた遷座式の日は台風で、一吉の妻で妊娠中の紀子（宮崎美子）は切迫早産の危険に見舞われた。すると、自衛隊のヘリコプターが出現し、佐世保の病院に運ばれ、雅子が産まれたのだ。雅子は“軍艦島最後の赤ちゃん”だったのだ。紀子が切迫早産しそうになった翌日、遷座式を執り行った端島神社の阿波宮司の遺体が軍艦島の近くの中ノ島で見つかった。 阿波宮司の死と自衛隊のヘリコプターの手配には関連性があり、後口が絡んでいるという。雅子と一吉の船に乗り込んだ浅見は軍艦島を訪れた後、中ノ島に降り立つ。その浅見を何者かが襲い…。