エルネシア発～成田着、新日本エアライン305便は、乗客を乗せ快適なフライトを続けていた。飛行機が着陸体勢に入ろうとしたその時、コックピットに管制塔から指令が入った。「着陸を許可しない。機内に伝染病に感染した者がいる。上空で待機せよ」これが、ラストフライトとなる機長の田上繁（平泉成）とファーストフライトの副操縦士の紀藤英心（岡田義徳）は管制塔から伝染病：サマリア肺炎について説明を受ける。分かっているのは感染の疑いがある者が成人の日本人男性ということだけである。未知のウイルスゆえ、ワクチンもなければ具体的な対処法もないのが現状である。政府は、機内にいる感染者を見つけ出し隔離するよう機長と副操縦士に指令を下す。隔離するためには、感染者を捜し出さなければならない。残された時間は少ない。
　到着時刻が近付いても着陸体勢に入ろうとしないことを不審に思った乗客が、客室乗務員の紀藤由菜（関めぐみ）に尋ねる。「何かトラブルでも起ったのか？」由菜も、着陸体勢に入らない飛行機に疑問を抱いていた。そんな時、田上からのアナウンスが機内に流れる。「当機は前輪が下りないトラブルに見舞われました。よって胴体着陸を試みます」胴体着陸という言葉を聞き、乗客の中に不安が広がる。
　次々に紀藤や乗客を襲うトラブル！！！　はたして、乗客、乗員は無事にたどり着けるのか！？