“バチスタ事件”から3カ月が経ったある日、東城医大付属病院の心療内科特別愁訴外来では、医師の田口公平（伊藤淳史）が17歳の少女・チホ（小林涼子）を診察していた。チホは廊下で診察を待つ間、点滴をしていたほかの患者の点滴スタンドを引き倒す騒ぎを起こしていた。なぜそんなことをしてしまったのかとたずねる田口に「知らない」と口を閉ざすチホ。田口は困惑するチホの母親と親身に向き合い、「時間をかけて、一緒に考えてみましょう」とチホの異常行動の原因を探る。

　そんな折、田口は厚生労働省から突然の呼び出しを受ける。省内の応接室で田口を待っていたのはアカギ（要潤）という男。なぜ自分が呼ばれたのかと、いぶかる田口にアカギは、バチスタ事件について厚労省でレポートをまとめるため、真相究明に関わった田口から事情を聞くことになったと説明。ついては白鳥圭輔（仲村トオル）のような省内部の人間ではなく、東城医大の当事者の声をレポートに反映させたいという。納得した田口は事件について語り始める…。

　東城医大付属病院の心臓血管外科では、執刀医の桐生恭一（伊原剛志）率いる7人の“チーム・バチスタ”がバチスタ手術（拡張型心筋症を心臓移植ではなく、肥大した心臓を切り取って小さく作り直すことで治療する難度の高い手術）で100％の成功率を誇っていた。ところが、あるときから3例続けて患者がオペ中に死亡する“術中死”が発生。病院長の高階権太（林隆三）から原因究明を命じられた田口は内部調査に乗り出すが、桐生らの反発を受けて難航する。そんな中、厚労省から白鳥が捜査に乗り込んでくる。かくして、白鳥とともに調査を進めることになった田口。関係者を挑発し、揺さぶりをかけて本音を引き出す白鳥の強引なやり口に振り回されながらも、やがて衝撃的な事件の真相にたどり着く…。

　田口が事件のあらましをアカギに語っていたその頃、別室にはいら立った様子の白鳥が閉じ込められていた。じつはアカギは厚労省の内部監査室の職員。事件での白鳥の強引な行動が、世間と医療従事者双方に多大な不安を与えたとして省内で問題となり、これを調査するために田口を呼び出していたのだ。その裏には、白鳥が準備を進める医療過誤死関連の調査委員会を潰そうとする不穏な動きも。すべては田口が何を証言するかにかかっていた。しかし何もできない白鳥は、尋問が終わるのをただ待つしかなく…。